森言森语

时间的付出，方法论的改变。

先决条件

• 应熟悉linux操作系统
• 应基本熟悉linux环境配置、文件管理等基本知识点

总而言之，先决条件就是尽可能熟悉linux，越熟悉越好。

Xshell和Xftp的安装

使用edu邮箱在Xshell网站https://www.netsarang.com/en/xshell-download/申请，获取到下载连接后按照常规的Windows软件安装即可。

• Xshell用来远程连接服务器（基于linux操作）
• Xftp用来传输文件

拥有一个服务器

• 学校有服务器有申请一个账号用呗
• 没有就自己买个低配版的，比如腾讯云、阿里云、华为云之类，买最低配的随便玩玩就好，比如一年几十块那种

注意，如果购买服务器，需要选择ubuntu或者centos吧。购买之后先重置密码，设置一个好记的新密码后记住。

为什么需要一个服务器

其实可以使用虚拟机，也一样玩，但是一般的电脑，安装个虚拟机，再在虚拟机中安装linux就感激很笨重，如果电脑性能不是很好的话，其实稍微大一点的数据也跑不了，而且对电脑硬件都是很大的损伤，有时候一个任务跑好几天，电脑就会烫的厉害，还耽误干别的事，就很不好。所以有一个服务器就是刚需了。

Xshell和Xftp建立连接

这一步就也很简单，新建之后输入：

• 主机：公网IP
• 密码：上面重置之后的密码

然后就可以登陆了。Xshell和Xftp都通过这种方法登录。

conda的安装与使用

为什么要用conda，因为方便。

• 安装conda
  conda分为anaconda和miniconda。anaconda已经安装了一些常用的包，而miniconda是精简版，需要什么包就装什么包。

# 基于linux的安装 
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh       
#给执行权限 
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh       
#运行       
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh       

由于之前没安装过其它包，所以就一路yes往下安装即可。

• 添加镜像

添加官网镜像（不推荐，可能慢）

conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge 

添加tsinghua镜像（推荐）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

检查一下

显示安装的频道        
conda config --set show_channel_urls yes      
查看已经添加的channels      
conda config --get channels      
已添加的channel在哪里查看      
vim ~/.condarc      

退出环境

conda deactivate 

小结

到这里就基本上有了可以操作的环境，就可以尽情使用咯。不过，说一千道一万，想要物尽其用，还是要多花时间琢磨，没有什么是可以速成的。就像开头说的，只有时间的付出加上方法论的改变，才有可能慢慢进阶。