Ncbi批量下载基因组信息和序列信息

森言森语

学过的内容总是容易忘记，有时候想用的时候苦苦想不起来以前是怎么弄的。慢慢的，我发现今日之森已经变成一个备忘录，有些学过的内容，记下来，想用的时候我也会第一时间在这里搜索。

操作就很容易了，主要是保存一下这两个网址。

用途：有时候需要批量下载不同物种的多个序列信息，而只有ID，这时候就需要用到批量下载。

NCBI提供了Batch EntreZ

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

进入网站后，upload自己准备好的基因ID列表，选择需要检索的数据库，点击检索，即可得到需要的序列信息。

基因ID列表的格式，一行一个ID，txt。

用途：有时候需要下载的基因组信息比较多，一个一个下那就累了；有时候一时间很难找到相对较全面的基因组信息，一个一个从文献中找或者google都不是易事，毕竟有很多物种都有很多不同的版本。所以就需要通过NCBI提供的Genome

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/

保存检索结果的ftp站点之后，保存为list文件。然后通过如下方式下载

$wget -c -r -i list