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还有多远,一念之间。

科研作图jalview软件 多序列比对结果 美化 编辑

2021-09-07


俗话说得好:人靠衣装,佛靠金装。

科研作图亦是如此,随着各类软件的发展和科研工作者的审美不断提高。 如果不给你的图片做个“美妆”还能不好意思拿出去见人,更不好意思放在你的paper中。 接下来就介绍一个软件,用以对对序列比对结果进行美化和编辑,可以让你的多序列比对图片瞬间高大上。 从此你做的图就是颜值担当!

今天的主角是jalview

【进入正题】

1、软件下载安装 https://www.jalview.org/

该软件支持多种操作系统,各位根据需要自行下载安装即可。安装方法与普通软件的安装方法相同,一路next即可。 但该软件依赖于java,因此首先需要安装java。 另外,由于该软件可与EML、PDB等网站互联,因此在使用web功能时需要联网。

2、软件的功能

下图所见即为该软件的功能展示,是不是很强大。

3、软件的使用

打开软件后,就会自动弹出这些界面,这是该软件的内置信息,目的就是为了展示该软件的主要功能及可视化效果,载入我们自己的序列时,全部关闭即可。可以通过下图大致看到,可以实现以下功能:

对多序列比对结果进行高颜值的着色; 显示保守区间和比对质量; 可对序列进行快速编辑; 对选中的序列构建进化树; 显示选中序列的蛋白结构或二级结构,等。

下面开始简单操作一下。由于该软件操作极其简单,就不一一进行演示了,直接出一张简单编辑之后的图片。 这里使用之前示例中的Athsp20序列。

总之,这里只是进行了简单编辑,总体来看颜值还不错。 具体的功能就很多了,大家可以自行摸索。 画出满意的figure。